美国国家航空航天局(NASA)飞往太阳系天体的太空行动要能够维持生命，或者可能要维持处于基本进化状态的生命，对于太空船表面上的最大孢子数有严格的限制要求；随着洁净室规程效率的提高，这些限制等级很可能会慢慢地降低。当然其它航空类的洁净室要求也基本上差不多。
目前级别最高的当属航天航空的航空仓，基本是属于1级，属于特殊领域，面积相对较小。微生物屏障可用于防止先前经过消毒的区域被重复污染；至少1,244 Pa(5英寸水柱)的压力才能满足防止微生物入侵的需要。高效空气过滤器HEPA(0.3μm，效率≥99.97% )也是一种公认的高效微生物屏障。
对于一个火星登陆任务，整个航天飞船所能允许的最大孢子数为 300,000(或＜300个细菌芽孢/m2)；所有的其它目标仍然有一个边坡稳定性概率要求。每个航天飞船的所有表面区域可以有300,000个孢子的数量，适用于火星的非特殊区域(大多数表面)；而包括硬件内的有机体(如罐封胶囊)在内，总允许量为 500,000。
多数的航空无尘室都有未知的微生物沉积率和表面微生物群体，一般并没有可立即投入使用的微生物实验室，当建造一个合适的微生物实验室，以实施NPR5340.1时，PP程序首先要做的是让无尘室尽可能的无菌，因此可以建造一个临时实验室，使用100级洁净工作台，并设有台式恒温箱。使用市场上有售的沉降板和基于胰酶大豆琼脂的接触板，就可以完成对无尘室以及相关设备的初步检测。这些程序主要是设计用于检测并计算导养菌，嗜温菌，好氧，厌氧微生物的数目的，尽可能在太空和行星环境下存活下来的微生物有喜盐生物，某些品种的芽孢杆菌和极端微生物。
洁净室及洁净区空气中悬浮粒子洁净度等级
| 空气洁净度等级 | (N) | 大于或等于表中粒径的最大浓度限值(pc/m) | |||||
| 0.1um | 0.2um | 0.3um | 0.5um | 1um | 5um | ||
| 1 | 10 | 2 | |||||
| 2 | 100 | 24 | 10 | 4 | |||
| 3 | 1000 | 237 | 102 | 35 | 8 | ||
| 4 （十级） | 10000 | 2370 | 1020 | 352 | 83 | ||
| 5 （百级） | 100000 | 23700 | 10200 | 3520 | 832 | 29 | |
| 6 （千级） | 1000000 | 237000 | 102000 | 35200 | 8320 | 293 | |
| 7 （万级） | 352000 | 83200 | 2930 | ||||
| 8 （十万级） | 3520000 | 832000 | 29300 | ||||
| 9 （一百万级） | 35200000 | 8320000 | 293000 | ||||
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